Подскажите пожалуйста, Еду на автомобиле, у меня установлено ГБО ( газ пропан ), но отметок в СТС нет, могут ли быть проблемы с прохождением границ ?

Не будет проблем

Нет. Этот вопрос не в компетенции ни таможенников, ни пограничников. Это Ростехнадзор, они могут с гибонамии на стационарных постах на трассе работать, но им легковушки не интересны. Они фуры и автобусы трусят. Вами могут заняться если их на вас гибон спустит. Но если с ним разговаривать не как с гибоном, а как с инспектором, то ему это не потребуется.

Я так ездил ни кому это не нужно.