Можно узнать, по какому паспорту лететь из Бен-гуриона в Россию на короткий срок и по какому брать обратный билет?

Билет вообще без разницы по какому. Если даркона или ТМ нет, то по российскому туда-обратно. Если есть, то выезд по даркону - въезд в Россию по российскому - выезд из России по российскому - въезд по даркону.

Мы брали билеты на российские, но паспортный контроль проходили по даркону.