Нашла работу в Алматы, уезжаю из Астаны. Может ли работодатель без моего присутствия аннулировать РВП, чтобы я потом могла оформить новое по новому договору?

Может. Но в этом нет смысла. Просто подаете на новый РВП, приложив прежний РВП и приказ об увольнении. Оформить новый нужно в течение 15 дней с даты увольнения. И если все же прежний работодатель решит аннулировать ваш РВП, то ему необходимо для вас получить временный сокращённый РВП. Тогда ориентироваться будете по срокам такого сокращённого РВП для оформления нового. Но в Астане сокращённое РВП могут дать на один-три дня только, и за эти дни вам нужно будет успеть оформить новый РВП.