Лечу в Индонезию по маршруту Россия-Китай-Филиппины-Индонезия, скажите пожалуйста, если лечу транзитом из Китая, проблем никаких не должно быть?

Если вы не собираетесь выходить в город (что думаю, навряд ли, поскольку маленькая пересадка), то просто идете в транзитную зону, без заполнения каких либо бумажек.