Подскажите пожалуйста как с РФ пересекается граница поездом до Петропавловска? Где пограничный пункт чтобы взять миграционную карту.

Миграционные карты отменили. Пограничный пункт придёт к вам сам в поезд.

Нужно выехать и потом снова на поезде заехать в рф.

Если поезд до Петропавловска, то при пересечении границы РФ/РК вам миграционную карту не брать, а сдать нужно. Если в обратную сторону - из Петропавловска в РФ, то взять карту при прохождении погранконтроля в поезде. Пограничники заходят в вагон сами.