Подскажите, пожалуйста, для поддержания ПМЖ нужно ведь хотя бы раз в год въезжать в Латвию. Это нужно делать только через границу Латвия-Россия или нормально ехать через эстонскую границу и потом в Латвию и это будет считаться?

Можно через любую, но лучше получать какое-то доказательство, что вы (и именно вы) были не только в стране въезда, но и в Латвии. Т. е. сделать что-то, где вы показываете удостоверение личности, и это фиксируется. Например, сдать простой анализ крови. Или в банке положить денег на счет и получить квиток. Или к нотариусу сходить... Или выехать напрямую из Латвии (будет латвийский штамп на границе).