Подскажите, а можно ехать из СПб в Калининград на поезде просто так? Без Шенген виз?

Можно. Нужен загранпаспорт и при покупке билета поставить галочку, что нужна виза для проезда)

Всегда ездили по транзитной визе, которую выдают по загран паспорту литовцы, для проезда на поезде, или можно по шенгену. Это Вам при покупке билета подскажут, как лучше.