Подскажите, при пересечении границы Германия - Швейцария, со счета мобильной связи пропали деньги, их можно как то вернуть?

Для начала смотрите выписку-детализацию.

Просто так деньги не пропадают обычно. Если был включен мобильный интернет в ФРГ на выгодных условиях, то при подключении к швейцарской сети условия могли резко измениться и за несколько килобайт списались все деньги со счета если там было меньше 50 евро. Разбирайтесь со своим оператором и просите подробную детализацию расходов.

Швейцария не в ЕС, даже приближаясь к границе лучше отключить роуминг данных на европейском номере. Вернуть средства не получится, увы.