Если визу в Германию получали через консульство одной страны шенгена, то нормально ли только влететь в эту страну, а потом направиться в иную страну шенгена?

Нормально. Главное говорить, что цель не друзья в другой стране, а "куда визу выдали - туда и двигаюсь" А можно влететь через любую страну шенгена и вылететь через любую. На то и придуман шенген.