Подскажите, пожалуйста. Если в Кыргызстан залетал по заграну, то при вылете обратно на паспортном контроле в РФ надо тоже загран показывать? Или паспорт РФ?

Выезжаете с тем же паспортом, с каким въезжали в КР.

По одному паспорту в РФ улетаете и прилетаете, а какой паспорт вы будете показывать на прилете и на вылете в Кыргызстане, Вануату, Монголии, Бразилии, Бухте Тимбукту, российскую пограничную службу не волнует.