У кого есть опыт репатриации в Израиль, подскажите, пожалуйста, где можно заказать дубликат свидетельства об установлении отцовства?

Может в загсе? Попробуйте через госуслуги, мы там многие недостающие справки заказывали. Там есть поиск, отвечает бот, и можно там же связаться с консультантом и у него уточнить.