Если открываешь ИП, то сам решаешь какой доход проводить через него, а какой нет? Например для работы с компанией через ИП, а доход с рекламы на сайте получать как физик - так можно?

Нет, не сам. Если выбираете Малый статус, то по нему есть направления, которые запрещены. При этом существует ещё такое понятие, как незаконная предпринимательская деятельность. То есть, если это деятельность, которая приносит вам доход, она должна и налогами где-то и как-то облагаться. То есть, декларируете вы свой доход сами, но никто не отменял мониторингов банка и налоговой, и нарушать закон не стоит.