Подскажите пожалуйста, если собственник квартиры не уведомил о прибытии гостя из РФ, впоследствии гостю необходимо подавать документы на РВП, могут отказать по этой причине, что не было уведомления от собственника жилья?

На момент подачи должно быть действующее уведомление. Но не обязательно с даты пересечения границы. Оно может быть оформлено ща день до подачи на РВП и не быть иного уведомления за ранние периоды. И даже в этом случае не откажут в РВП.