Подскажите, то, что внутри Шенгена проезд гражданам РФ с визой в Польшу без проблем, это понятно, а если с французской визой прилететь в Варшаву, а потом оттуда выехать на автобусе до Калининграда?

Не будет проблем. Вы же из Шенгена влетите в Польшу. А из Польши выехать Вам никто не запретит. Я езжу из Варшавы в Минск, а оттуда в Москву. Гражданство РФ.

Билеты из Гданьска до Калининграда можно купить на официальном сайте автовокзала Калининграда avl39 Я так всегда езжу.