Собираюсь в путешествие, маршрут такой: Токио (5дн) -Киото(4дн) -Хаконэ(2дн) -Токио(2/3дня с выездом в ближайшие города) Какие проездные покупать, чтобы по Токио передвигаться? И еще на Шинскансе? Покупать и jrpass и метро?

Jr pass не брать. Синкансен Токио-Киото около 14тй в одну сторону, автобус 6-7тй в среднем, самолёт где-то посередине (если повезёт), но это самый неудобный вариант. Если собираетесь из Киото выезжать в Нару, Осаку итд, добавьте дней к Киото Проездные по Токио: Jr 750 в день (если не подняли), Tokyo metro 600 йен за 24 часа, всё метро (не Jr) 1500 за 3 дня. Вместо проездного можно взять в аэропорту транспортную карту (welcome suica или аналог), но это не экономия а просто удобство.