Что будет с доходами полученными в РФ (типа аренда, продажа ООО) физлицом, постоянно проживавшим в РФ, но по причине эпидемии оказавшимся более 180 дней вне РФ?

Зависит от того, где он оказался. Многие страны не будут считать людей налоговыми резидентами, если они вынуждено проводили время на их территории. Плюс Россия в этом году даёт возможность признать себя налоговым резидентом РФ от 90 дней. Так что скорее всего проблем не будет и доходы будут рассматриваться как доходы налогового резидента РФ.