Если я значилась инженором в трудовой книжке, а обязонности выполняла менеджера-секретаря, как мне указывать в НОК?

Указывать нок, который будет подтвержден референсом.

NOC определяется по обязанностям. Так что смотрите какие обязанности вам больше всего подходят. Как называется должность при этом - не имеет значения.