В обязанности компании уже не входит оплата банковской гарантии за своих сотрудников. Это действительно так?

Она никогда не входила, это был бонус, как и страховка.

Можно не уплачивать банковскую гарантию, а вместо этого дать бумагу, в которой компания обязуется взять на себя расходы по репатриации.

Да. Написали в мигрейшн от работодателя требуемое письмо, но деньги замороженные на депозите, не можем вернуть с июня. Не дают подтверждение для банка.