Можно ли вылететь из Малайзии например на Бали, а потом обратно? Будет ли это считаться за второй въезд?(виза же дается на однократный до 30 дней) проблем нет на границе в таком случае?

Так вы же вылетаете из страны, не превысив этот однократный 30-дневный? Всё, вас в стране нет, виза закрыта. Вернетесь - откроется снова. Если не вызовете подозрение как визараннер .

Летал КЛ - Краби - Сингапкр -КЛ в рамках 30 суток все было - никаких проблем.

Безвиз выдается на срок до 30 дней, а не на 30. Поэтому всё должно быть ок.