Если живу в Ирландии, ВНЖ, паспорта России и Израиля, Шенгенской визы нет, но она не нужна с израильским паспортом, пустят ли в Эстонию для транзита из Ирландии в Россию и из России в Ирландию?

50/50. Люди с российским паспортом - угроза.

Я бы смотрел на Финляндию лучше. И 100% не на Латвию, как раз сегодня была новость, что Латвия много израильтян не пускает с российскими паспортами как угрозу.