Какой документ стоит приложить при подаче на визу японии для ИПшника?

Достаточно выписки со счета.

Для подтверждения дохода предоставляла декларацию УСН за 22 год и попросили платежки (квитанции) что сумма налога была оплачена.

Их не интересуют ваши доходы, им важно чтоб вы могли оплатить жилье и а/билеты обратно. Поэтому попросят документы на их оплату.