Подскажите, можно как то с чемоданом из ПП поехать на экскурсию на подземную реку, оставить его где то, а потом оттуда сразу в Эль нидо?

Не думаю, что в Сабанге есть организованое хранение багажа. Нужно договариваться с кем-то о хранении. Возможно можно попытаться договориться с отелем, с перевозчиком или с местными.