У нас ИП Грузии, подскажите, как вообще проходят проверки налоговой, если им требуются уточняющие документы в виде инвойсов и договоров?

Обычные - запрос документов по email, если будут вопросы, которые останутся незавершенными, тогда запускается камеральная проверка с привлечением налоговой полиции и вызывают на опрос уже обычно в ближайшую к юрадресу налоговую. Проверки проходят очень редко, но иногда бывают выборочные.