Может кто-нибудь знает, подскажите пожалуйста, будут ли сложности, если открыть испанскую визу(большая часть поездки в Испании, во Франции пара дней), но прилететь во Францию? *Страна прилёта Франция, но виза испанская.

Нет. Только на случай возможных распросов на границе имейте на руках брони гостиниц, из которых видно, что большую часть времени вы проведете в Испании, и обратный билет. Кстати, сохраните документы, подтверждающие пребывание в Испании - чеки из гостиниц, магазинов и т. п., испанцы не любят нецелевых использований своих виз и отслеживают, будете подаваться к ним снова - все это приложите.