Подскажите, если в багаже провозишь из Японии до 3 л алкоголя, возможно ли ещё докупить что-то в дьюти фри? Или там в целом можно вывезти до 3л в совокупности?

Это не на вывоз, а на ввоз ограничения 3л. Не важно, где вы ещё докупите, хоть на пересадке, таможня РФ на то, что свыше 3л, потребует пошлину. Ну если в Китай въезжать будете, гляньте и их ограничения заодно))

Вопрос даже не вывоза, а транзита и ввоза. Ввозить беспошлинно можно только 3л на территорию РФ, ну и есть риск, что при транзите изымут.

Считается общее количество.

Вывозить можешь сколько угодно, ввозить на территорию России можно не больше 3 литров, а таможню вы проходите после получения багажа, так что таможенник будет смотреть на общее количество, багаж + ручная кладь….