Допустим, пробираюсь я через Вену в Испанию по визе С и подаю на студенческую визу там на основании курсов. Мне интересно, не будет ли ко мне вопросов?

Тут самый главный вопрос что при подачи с территории Испании вы должны легально находится в стране и вы на подачу будете делать все страницы паспорта копии , устроит ли виза С другой страны при рассмотрении документов. Если виза С испанская то вопросов точно не будет не важно как вы въехали , вы находитесь легально в стране.