Если я гражданин РФ приехал на дней 5, обратно поеду в Ташкент через черняевку, будут ли там спрашивать уведомление о прибытии? Компания где арендую квартиру не знают об уведомлении.

Нет. До 30 дней можно как турист без уведомлений. И уведомление - это проблема хозяев квартиры, а не туриста. После 30 дней желательно иметь, чтобы проблем не было с миграционкой или полицией.