Если моя бабушка ( 1913 г. р.) родилась в Луганске в семье дореволюционных атеистов, то мне нужно оттуда выписку свидетельства о рождении заказывать? Советский паспорт, где в графе национальность "еврейка", не подойдёт?

Не подойдет, хоть и не помешает. Тогда свидетельств не было, были записи о рождении, т. е метрики. Попробуйте заказать если тот архив уцелел. Но одного документа (+паспорт) недостаточно.

Если есть советский паспорт в оригинале то это очень хорошо А дореволюционный атеист это оксюморон - как было зарегистрировать рождение ребенка кроме как в синагоге - в 1913? Наверняка восстанавливала сор в советское время.