Скажите, пожалуйста, при подаче на визу стоит ли предъявить билеты по маршруту Венеция-Таллин-СПБ, или консульству может не понравится то, что мы едем обратно в Россию через Эстонию?

Консульству все равно, через что вы возвращаетесь, лишь бы маршрут был а) осуществимый (не из РФ в Италию через Финляндию с визой С, например), б) подтвержденный документально билетами.

Если границу в Нарве будете переходить пешком, то в визовом центре заставят об этом написать.