Прилетел в Германию с Французской визой, говорят вылет в Баку обязательно должен быть из Франции ибо criminal offense. Так ли это ?

Ну, прямо вот так уж это не криминал. Но трудности с шенгеном в последующем запрограмированны. Домой то вас выпустят наверняка, кто же вас здесь оставит просто так.

Это неверная информация. Шенгенский кодекс регламентирует только въезд и время нахождения в шенгене по визе. Выезд может быть откуда угодно. Да и французы никогда не придирались и ко въезду тоже.