Есть российская компания готовая платить в рублях на иностранный счёт, но есть вопрос примут ли грузинские банки эти рубли?

Узнайте метод отправки. В Казахстан и Армению действительно нет проблем отправить рубли. В Грузию иначе. Теоретически можно открыть счёт в рублях и зачислять на него через, например, свифт. Но очень сомнительно.