Я гражданин Латвии нахожусь в России, у меня было гражданство РФ. Я подал на выход из гражданства РФ.

Здравствуйте. По закону Вы должны будете доказать, что легально находились на территории РФ. Я бы на Вашем месте позвонил в миграционную службу и обговорил этот вопрос в плане, какие бумаги брать с собой на погранконтроль.

Вы заявление на выход из гр рф подавали в посольство рф? Если да, то проблем быть не должно, покинете рф по паспорту рф и потом сдадите его в посольство.