В прошлом году выезжала из Пафоса через Северный Кипр (аэропорт Эрджан). В этом году буду въезжать через аэропорт Пафоса на Южный Кипр. Скажие, могут ли меня не пустить на Пафос, при том, что есть штампы в паспорте с Северного?

А какой у вас паспорт? Если ЕС, то проблем нет, если другой - то есть. Выезд с южной стороны на северную и дальше на континент не считается выездом с территории РК. Для них вы до сих пор находитесь на Кипре и просрочил выданную вам визу со всеми последствиями.