Скажите пожалуйста, мы пересекли границу Казахстана и через два дня улетаем в Москву из Киргизии. На границе не будет проблем? имею ввиду что в Кыргызстане временную регистрацию нужно сделать или нет?

Не нужно.

Если будете в КР меньше 30 дней то регу делать не надо.

Давайте по порядку. Вы - граждане РФ. Вчера вы впервые пересекли границу Казахстан-Кыргызстан. Послезавтра улетаете в Москву, значит срок вашего пребывания в Кыргызстане явно менее 30 дней. Следовательно, никакая временная регистрация вам не нужна. Проблемы на границе у вас будут, если вы будете в Кыргызстане совершать преступления (смотрите Уголовный кодекс КР) либо правонарушения (см. Кодекс КР о правонарушениях).