Смогут ли в визовых центрах при оформлении визы Д в турцию войти в положение и принять не на основе действующего внж, а внж, находящемся на рассмотрении плюс предыдущий икамет с законченным сроком?

Можно на сайте консульства/ визового центра посмотреть условия подачи. Можно просить рассмотреть в индивидуальном порядке.если до окончания внж оставалось меньше трех месяцев.

Всё зависит от страны, от того кто принимает документы и т. д. Пишите письмо, спрашивайте. Или пробуйте наугад. Точно вам никто не скажет .