Может кто-то знает, может ли ИП с ИТ-сертификатом импортировать ноутбук и заплатить 0% НДС вместо 20% (из-за ИТ сертификата) или это так не работает в Армении?

Не работает.

IT сертификат не избавляет от импортного НДС.

Нет конечно, НДС 0 при экспорте ИТ услуг, вот дело в том что ИТ сертификат и заставляет экспортировать услуги, а вот на импорт есть НДС.