Подскажите, при регистрации ИП на сайте грузинской налоговой во втором окошке выбора кода деятельности можно любой дополнительные написать или продублировать код из первого окошка ?

Ничего не надо дублировать. Если у Вас второе/третье/дополнительное направление деятельности кардинально отличается от первого/основного, то под него подбираете и вносите дополнительный код. Если нет, то берете только основной.