Подскажите, по национальной визе Д Португалии можно въезжать только напрямую в Португалию, или можно транзитом через другую страну Шенгена?

Можно через другие страны.

Если вы дальше подаете на внж, то вам надо пару дней пожить в отеле, чтоб отель вас зарегистрировал и вот эта бумажка понадобиться в sef при подаче.