Подскажите, что это за раздел на visit japan web? Нужно ли его заполнять и для чего он? Кюар код получила в пункте меню выше. Этот кюар действует и на въезд и на выезд из страны?

У вас должно быть 2 QR-кода: для иммигрейшна и для таможни. вы для таможни не сделали, нужно сделать.

коды нужны только въезд. Получать их не обязательно, можно и бумажные заполнить. На выезд большинство заполняет бумажку о количестве вывозимой валюты.