Насколько законно вообще без печатей и проверки паспорта на поезде в Сербию из Черногории въезжать?

Ну, если это ошибка погранцов, то вопрос решаемый, но, в целом, тоже не очень. Если вам БК делать, то могут быть трудности, но подобные кейсы были, и решались либо МУПом, либо лишней поездкой за границу.