Я по рабочему контракту ( рабочая виза D) , ВНЖ Италии ещё не подавал ( пойду в Questura в начале ноября). Работаю 40 часов в неделю.

Не все виды внж можно конвертировать в любой другой. Так что не обязательно бред. Возможно, сделать ваш обмен нет возможности, так что надо внж по учебе получать с нуля, с визы. Допустим, внж по учебе в универе можно конвертировать в рабочий. А внж по учебе на курсах, нет.

О конвертации рабочего внж в учебный в законе об иммиграции не упоминается, соответственно такая опция отсутствует. Так что либо действительно возвращаться, либо попробовать перейти на 20ч в неделю - в таком режиме можно учиться на phd получив соответствующее разрешении от faculty. Тогда можно оставаться с рабочим внж, тк он позволяет учиться. Но что при этом с сочетанием стипендии и зарплаты я не знаю (хотя пл умолчанию кажется что стипендию можно сочетать с зарплатой полставки )

Почитайте условия вашего phd там можно работать, но есть куча нюансов. Возможно удастся оставить рабочий внж и учиться. Как вариант, отказаться от стипендии, если зарплата выше. Внж рабочий «стоит» намного больше чем студенческий. Лучше его получить.