Может кто то знает, если ребёнку аннулировали паспорт при замене на новый, но новый еще не выдали, есть какие то варианты вылететь из Армении в РФ?

Если у него есть гражданство РФ, то да, в посольстве можно получить справку подтверждающую личность для возвращения на родину. Хотя и кривой вариант.