Подскажите, если быть долго нелегалом в Португалии, потом выехать в Украину, то потом будет возможность вернуться в Португалию через 90 дней, или больше не пустят?

Вы же нарушите условия пребывания в шенгенской зоне, велика вероятность, что вас не пустят. И второе, если вы долго уже будете нелегалом, то будете ближе к оформлению ВНЖ, а если уедете, обнулите срок ожидания и процесс нужно будет проходить с нуля. Надо выбрать.