У нас в школе в Португалии хотят апостиль на документе с оценками из 3 класса. На такое апостиль то нигде не поставить вроде?

Поставить в стране происхождения. Альтернатива - попробовать оформить перевод заверенный в посольстве вашей страны. Если это Украина, без апостиля не заверят перевод.

В Москве это делают в департаменте образования. Уточняйте по своему региону.