Подскажите, в приложении кредо я налог за ввоз товара же могу оплатить через пункт казначейских платежей - все пройдет?

Вам нужно идти в отделение кредо, привязывать к кабинету налоговый номер, ждать неделю и только после этого можно будет оплатить. Мой совет идите с декларацией в либерти и оплачивайте наличными через них. Иначе пропустите сроки и товар будет передан государству.