Подскажите, у жены есть корни, браку менее года, собираемся поехать в израиль и там подавать на репатриацию, могут ли быть проблемы по браку?

Да, вам гражданство дадут через год проживания в Израиле.

Есть вероятность, что к тому времени, как вы попадете на КП, браку будет уже и больше года, и больше 13 месяцев (и сколько там времени требуют - цифры разнятся). Так что, если все пройдет удачно, гражданство получите вы оба. А так ваш случай подпадает под директиву о свежем браке.