Подала пакет документов на digital nomad в Португалию летом и отдала оригиналы документов: ИНН, рабочие договора и аренду. Они их забрали, не сканяли. У кого то было так? Они потом отдают оригиналы?(

Обычно не отдают, нет.

Оригиналы запросите обратно. Должны при приёме документов удостоверится что оригиналы есть, далее снимают копии и оригиналы всех документов возвращают, даже с копий делают копии и возвращают. Забирайте оригиналы.