Должны ли совпадать номер удостоверения личности в уведомлении о прибытии иностранца и номер удостоверения личности, на который будут подаваться документы на ВНЖ?

Вообще не должны вам ВНЖ выдать с такими вводными, раньше так нельзя было.

Можно. Приложите оба паспорта и уведомление на тот паспорт, по которому заехали.

Если документы приняли значит нормально получается, так бы сразу развернули.

Значения не имеет, на какой паспорт уведАмление, потому что в списке документов на ВэНЖ его нет. А если вдруг попросят, то это не нарушение, человек-то один.