Подскажите пожалуйста, кто летел пегасусами из Санкт-Петербурга или Москвы через Стамбул, багаж до Тираны регистрируют, или нужно его в Стамбуле получить?

Регистрируют до конечной точки.

У меня при покупке билета было написано, что нужно забирать и заново регистрировать.

Я покупала билет одной транзакцией, регистрировала до Тираны багаж.

Регистрируют, в СПб говорите, что до Тираны летите и нет проблем с багажом. Идете в Стамбуле через трансфер, багаж не нужно получать в Стамбуле и снова регистрировать. Это если "единый" билет покупаете.