В середине июля прилетела в Молдову из РФ , транзитом в Украину, в паспорте РФ соответственно поставили штамп вьезд в Молдову

на границе Молдова-Украина поставили уже в украинские документы пересечение границы, такой вопрос интересует, в конце октября собираюсь выезжать обратно таким же маршрутом, но теперь не знаю, на какой паспорт мне брать билет из Молдовы( РФ или Укр.) и с 90 днями не очень понятно, я ведь ехала транзитом, а не находилась в Молдове, касаются ли меня эти 90 дней, если да, то они просрочены , что за этим следует? Если брать билет и выезжать по Укр. докуметам, то тогда в паспорте РФ не будет выезда из Молдовы и не возникнут ли потом вопросы в конечном пункте приезда? Обращают ли на это внимание пограничники? Запуталась в общем . Помогите с советом или с опытом может. Спасибо.